RNASeqとマイクロアレイの違い

NS 主な違い RNA Seqとマイクロアレイの間には、 RNA Seq（RNA Sequencing）は、新規RNAおよびRNAバリアントの分析を可能にしますが、マイクロアレイは、既知のRNAプローブを使用したトランスクリプトームの分析を可能にします。。さらに、RNA Seqはシーケンシングベースの技術ですが、マイクロアレイはハイブリダイゼーションに基づいています。

RNA Seqとマイクロアレイは、分析に使用される2つの手法です。 トランスクリプトーム、これは生物の発現された総mRNAです。それらは、定義された細胞段階で形成されたRNA分子のタイプを決定することを可能にします。

遺伝子発現解析、ハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、RNAシーケンス、シーケンシング

RNASeqとは

RNAシーケンス （RNAシーケンシング） サンプル中のRNA分子の配列を決定する手法です。 RNA Seqには、cDNA分子のハイスループットショットガンシーケンシングが含まれます。 cDNAはRNA分子の逆転写から得られます。次世代シーケンシングには、cDNAの配列の決定が含まれます。 RNA Seqにより、RNA配列とそれらの相対的な存在量を決定できます。

図1：RNASeqプロセス

RNA Seqは、幅広い感度を備えた信頼性の高い技術です。したがって、それはまれで少量のRNA配列を検出することができます。 RNA Seqのユニークな特徴は、新規RNA配列とスプライシングバリアントを識別する能力です。

マイクロアレイとは

マイクロアレイは、特定の生物の遺伝子発現を分析するために広く使用されている技術です。サンプル中のRNA分子とハイブリダイズする定義済みのプローブを使用します。一本鎖プローブは、蛍光標識されたRNAサンプルがハイブリダイズするチップとして知られる固体表面に付着します。ゲノムシーケンシングデータを使用してプローブを設計できます。

図2：マイクロアレイプロセス

迅速で簡単な実験のために、マイクロアレイは遺伝子発現分析における最良の技術です。ただし、プローブは、スプライシングバリアントも検出するように設計する必要があります。

RNASeqとマイクロアレイの類似点

RNASeqとマイクロアレイの違い

意味

RNA Seqは、サンプル内のRNA配列を検出するシーケンスベースの手法を指し、マイクロアレイは、サンプル内の特定のRNA配列の存在を検出するために使用されるハイブリダイゼーションベースの手法を指します。

に基づく

RNA Seqはシーケンシングベースの技術であり、マイクロアレイは既存のプローブを使用して行われるハイブリダイゼーションベースの技術です。

新しいシーケンスの識別

RNA Seqはサンプルに存在する新しいRNA配列を識別できますが、マイクロアレイは既知の配列しか識別できません。

感度

RNA Seqの感度は高く、マイクロアレイの感度は比較的低くなっています。

正確さ

RNA Seqデータの精度は高く、マイクロアレイデータの精度は比較的低くなっています。

SNP検出

RNA Seqは、少量のRNAのdenovo SNPを除いてSNPを識別できますが、マイクロアレイはSNPを検出できません。

費用

RNA Seqは、この方法で必要とされる広範なバイオインフォマティクス分析のために高価（$ 300- $ 1000 /サンプル）ですが、マイクロアレイは安価です（$ 100-200 /サンプル）。

結論

RNA Seqは、トランスクリプトームに存在するRNA配列を決定するために使用されるシーケンスベースの手法であり、マイクロアレイは特定のプローブを使用してトランスクリプトーム内の特定の配列の存在を検出します。マイクロアレイは、新規のRNA配列や、存在量の少ないRNA配列を検出できません。しかし、RNA Seqでは、サンプル内のすべてのRNA配列を特定できます。したがって、RNA Seqとマイクロアレイの主な違いは、検出のタイプです。

リファレンス：

1. Kukurba、Kimberly R.、およびStephen B.Montgomery。「RNAシーケンシングと分析」。コールドスプリングハーバープロトコル2015.11（2015）：951–969。 PMC。ウェブ。 2018年7月3日、こちらから入手可能2。 Govindarajan、Rajeshwar etal。「マイクロアレイとその応用」。 Journal of Pharmacy&Bioallied Sciences 4.Suppl 2（2012）：S310–S312。 PMC。ウェブ。 2018年7月3日、こちらから入手可能