エクソームとトランスクリプトームの違い

NS 主な違い エクソームとトランスクリプトームの間には、エクソンはゲノム内のタンパク質をコードする遺伝子のすべてのエクソンの完全な配列であるのに対し、トランスクリプトームはタンパク質をコードする遺伝子に由来するメッセンジャーRNA分子のコレクションです。さらに、トランスクリプトームが細胞の全RNAの4％未満を構成するのに対し、エクソームは全ゲノム配列の1〜2％をカバーします。

エクソームとトランスクリプトームは、ゲノム内のタンパク質をコードする遺伝子の配列の2つのコレクションです。どちらも、ゲノム研究や病気の診断にさまざまな用途があります。

対象となる主要分野

1.エクソームとは –定義、事実、テクニック 2.トランスクリプトームとは –定義、事実、テクニック 3.エクソームとトランスクリプトームの類似点は何ですか –共通機能の概要 4.エクソームとトランスクリプトームの違いは何ですか –主な違いの比較

重要な用語

エクソン、エクソン、mRNA、タンパク質コーディング遺伝子、トランスクリプトーム

Exomeとは

エクソンは、特定の生物のゲノムのタンパク質をコードする遺伝子のエクソンの集まりです。ゲノムのコード配列は遺伝子にクラスター化されており、タンパク質またはRNAのいずれかをコードすることができます。原核生物のゲノムでは、コード配列は他の配列によって中断されませんが、真核生物のゲノムでは、遺伝子のコード配列はイントロンと呼ばれる非コード配列によって中断されます。したがって、クラスター化されたコーディング配列はエクソンと呼ばれます。

図1：エクソンとイントロン

タンパク質をコードする遺伝子では、RNAポリメラーゼは、転写中にイントロンとエクソンを前駆体mRNAに転写します。組み込まれたイントロンは、以下の転写後修飾中に削除されます。エクソームの研究で使用される主な技術は、全エクソームシーケンス（WES）です。 WESは、特定のゲノムの断片化されたDNAのハイブリダイゼーションに関与して、ターゲットDNA配列を特定し、その後シーケンシングを行います。

トランスクリプトームとは

トランスクリプトームは、細胞内で発現するmRNAの全セットです。それは細胞の全RNAの4％未満を占めます。トランスクリプトームはプロテオームの組成を指定するため、その特定の細胞の生化学的能力を決定します。また、特定の細胞のトランスクリプトームは合成できず、細胞分裂中に常に親細胞から娘細胞に到達します。したがって、RNAを生成するプロセスである転写は、トランスクリプトームを維持するためのステップです。

図2：多能性細胞のトランスクリプトーム

一方、各細胞には種のトランスクリプトーム全体の生成に関する情報が含まれていますが、細胞内で発現する遺伝子は環境要因にも依存します。トランスクリプトームの研究で使用される2つの主要な技術は、マイクロアレイとRNA-seqです。

エクソームとトランスクリプトームの類似点

エクソームとトランスクリプトームの違い

意味

エクソンとは、タンパク質合成の情報をコードするエクソンからなるゲノムの一部を指し、トランスクリプトームとは、生物の遺伝子で発現するすべてのメッセンジャーRNA分子の合計を指します。したがって、エクソームとトランスクリプトームの主な違いは、この定義から自明です。

意義

したがって、エクソンはタンパク質をコードする遺伝子のエクソンの全セットであり、トランスクリプトームは細胞で発現するmRNAの全セットです。

DNAまたはRNA

また、トランスクリプトームはRNAで構成されているのに対し、エクソームはDNAで構成されています。

額

トランスクリプトームは細胞の全RNAの4％未満を表しますが、エクソームは全ゲノムの1〜2％を表します。

レベル

エクソームとトランスクリプトームのもう1つの違いは、トランスクリプトームが転写レベルにあるのに対し、エクソームはゲノムレベルにあることです。

テクニック

さらに、全エクソームシーケンシングは、マイクロアレイとRNA-seqがトランスクリプトームを決定する一方で、エクソームを決定する手法です。

結論

エクソンは、ゲノムのWESによって決定されるゲノム内のエクソンのセット全体です。したがって、エクソームはDNAベースの概念です。しかし、トランスクリプトームは細胞のmRNAのセット全体であるため、RNAベースの概念です。エクソームとトランスクリプトームの主な違いは、その概念です。

リファレンス：

1.ウォー、アマンダ他。「エクソームシーケンシング：現在および将来の展望。」 G3：Genes | Genomes | Genetics 5.8（2015）：1543–1550。 PMC。ウェブ。 2018年9月6日。こちらから入手可能2。ブラウンTA。ゲノム。第2版。オックスフォード：Wiley-Liss; 2002年。第3章、トランスクリプトームとプロテオーム。ここで入手可能

画像提供：

1.米国国立ヒトゲノム研究所による「DNAエクソンイントロン」–（パブリックドメイン）Commons Wikimedia経由2.「多能性細胞のトランスクリプトーム」Grskovic、M。およびRamalho-Santos、M。による多能性トランスクリプトーム（10月10日2008）、StemBook、ed。幹細胞研究コミュニティ、StemBook、doi / 10.3824 / stembook.1.24.1、http：//www.stembook.org。 – [1] DirectStemBook図2多能性細胞のトランスクリプトーム。Grskovic、M。およびRamalho-Santos、M。、多能性トランスクリプトーム（2008年10月10日）、StemBook、ed。幹細胞研究コミュニティ、StemBook、doi / 10.3824 / stembook.1.24.1、http：//www.stembook.org。（CC BY 3.0）コモンズウィキメディア経由